Flaga państwowa
Czerwona prostokątna flaga z białym łacińskim krzyżem jest flagą państwową Suwerennego Zakonu Maltańskiego. Nazywana flagą Świętego Jana, była używana od najdawniejszych czasów. „Historia Zakonu” Giacomo Bosio (1594), odnotowuje, że w 1130 roku papież Innocenty II wydał dekret mówiący iż „… religia na wojnie powinna nosić sztandar z białym krzyżem na czerwonym polu”. Od wydania bulli papieża Aleksandra IV z 1259 r. pozwalającej Kawalerom na wojnie nosić czerwony płaszcz z białym krzyżem, Zakon zaczął systematycznie używać krzyża łacińskiego jako swojego emblematu. W 1291 r. Zakon opuścił Ziemię Świętą i osiedlił się na Cyprze, gdzie nastąpił rozwój jego floty i od tego czasu statki Kawalerów pływały pod rycerskim sztandarem. Dziś flaga państwowa powiewa nad Pałacem Magistralnym w Rzymie i towarzyszy Wielkiemu Mistrzowi i członkom Rady Suwerennej podczas oficjalnych wizyt.
Flaga działalności Zakonu
Czerwona flaga z ośmioramiennym białym krzyżem jest flagą dzieł Zakonu Maltańskiego. Ośmioramienny krzyż jest używany w Zakonie tak długo, jak krzyż łaciński i wynika to z dawnych związków Zakonu z Republiką Amalfi. Jego obecny kształt datuje się sprzed ponad 400 lat; pierwszym wyraźnym nawiązaniem do krzyża o ośmiu punktach był jego wizerunek na monetach Wielkiego Mistrza Fra’ Foulques de Villaret (1305-1319). Flaga ta jest używana przez Wielkie Przeoraty i Podprzeoraty, przez 47 Narodowych Stowarzyszeń i przez ponad 100 misji dyplomatycznych na całym świecie. Powiewa także nad szpitalami, placówkami medycznymi i oddziałami ambulatoryjnymi, a także wszędzie tam, gdzie działają oddziały maltańskiej służby medycznej, fundacje i wyspecjalizowane jednostki.
Flaga Jego Wysokości Wielkiego Mistrza
Czerwona flaga z ośmioramiennym krzyżem, otoczonym łańcuchem z koroną na górze jest osobistą flagą Wielkiego Mistrza. Powiewa nad Pałacem Magistralnym i urzędami magistralnymi podczas jego obecności.
Herb Suwerennego Zakonu Maltańskiego
W herbie Zakonu widnieje biały łaciński krzyż na czerwonym owalnym polu, otoczony różańcem, na tle białego ośmioramiennego krzyża. Ukazany jest pod książęcym płaszczem zwieńczonym koroną (jak opisano w art. 6 Konstytucji Zakonu ). Jest symbolem Wielkiego Magisterium Zakonu i jego instytucji: Wielkich Przeoratów, Podprzeoratów, Stowarzyszeń Narodowych i Misji Dyplomatycznych.
Znak działalności Zakonu
Jest to symbol medycznej i humanitarnej działalności Zakonu na całym świecie.
Na czerwonej tarczy widnieje biały, ośmioramienny krzyż (jak opisuje art. 242 Konstytucji Zakonu).
